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イメージが良い

「そんなこと!? 」と思うかもしれませんが、企業活動を行うにあたってこのイメージというヤツ、ものすごく大事です。これから行おうとする（もしくは個人としてすでに行っている）事業が一般の方々を対象にしたモノづくりやサービスだとしたらなおさらです。

また、実際の取引の場面でも「株式会社の代表取締役社長」という肩書きは、それだけで「すごい！」と思わせるものが根強くあります。
事業の拡大や多面展開をしようという場合、これは間違いなく強い武器となるでしょう。

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比較的資金が集めやすい

資本金の出資者＝役員ではなく、株式を発行して一般の人たちから資金を募ることができるのが、株式会社ならではのメリットです。もちろん一般の人から出資を募るには「他人を納得させるだけの事業計画」も必要です。

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設立にかかる費用が安い

株式会社に比べて設立時の費用がかからないのが最大のメリットです。設立時には何かとお金が必要です。少しでも安く抑えられればそれに越したことはありません。

実際にはこのほかに法人印鑑代や印鑑証明書代等が必要
※ 登録免許税は資本金の額の7/1000に相当する額。これが15万円に満たない場合は15万円

表を見てわかるとおり、まず登録免許税（法人登記の際の収入印紙代）が6万円と、株式会社の15万円に比べて9万円も安く済みます。
さらに、株式会社では定款を作成したら公証人による認証を受けなければなりませんが、合同会社ではそれが必要ありません（定款自体は作成しなければなりませんが）。トータルで14万円も安く済みます。

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役員の任期が無い

株式会社では役員（取締役）の任期は原則2年、非公開会社の場合は定款で定めることにより最長10年まで伸ばすことができますが任期そのものは存在します。

任期を満了し、次も同じ人が継続して取締役になる（重任という）にしろ、役員変更は登記事項の変更なので、1万円の登録免許税（印紙）が必要です。
さらに、その手続きを専門家に依頼すれば、その報酬も別途かかります。

合同会社の場合、法律上役員の任期は定められていないので、特に定款で定めない限り任期が存在しません。
つまり、実際に役員が変わる（名前や住所の変更も含む）ことが無ければこの余計な手続きは無いということです。

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決算公告の義務が無い

株式会社では、決算期ごとに決算の数字を公表しなければなりません。通常はこれを官報によって公表（公告）しますが、この官報に決算情報を掲載するのに最低でも59,126円かかります。
毎年のことですから中小企業にとっては結構な負担になります。
合同会社であれば、決算書の作成自体は必要ですが、公告の義務はありません。したがって官報の掲載料も不要です。

合同会社の場合、法律上役員の任期は定められていないので、特に定款で定めない限り任期が存在しません。
つまり、実際に役員が変わる（名前や住所の変更も含む）ことが無ければこの余計な手続きは無いということです。

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相対的にイメージが良く無い

株式会社のメリットでも上げましたが、この合同会社という形態、平成18年の法改正で登場したため一般の認知度はやはり低いといえます。多くの人が「合同会社？何だそれ」「名前だけは聞いたことあるけど…」といった感じで「株式会社よりも格下なんだろう」と漠然と考えることでしょう。
また、登記上、役員は「取締役」ではなく「社員」とされ、社長の肩書きも「代表取締役社長」ではなく「代表社員」となります。このような呼び名だと「なんとなくいやだ」という方も多いようです。

出資だけ、または経営だけの参加はできない

株式会社の場合、会社の所有＝株主、経営＝取締役というかたちになり、所有と経営が別れているのが特徴です。したがって、出資だけする人（法人）という存在も当然認められます。
合同会社の場合は、出資だけする人（法人）は原則認められません。「経営には参加しないけど配当金は下さいね」という人を排除しているので、出資金を募りにくいというデメリットに繋がります。逆に、「経営には参加したいが出資はしたくない」というのも認められません。

意思決定がまとまらない可能性がある

株式会社では、会社の意思決定の議決権は「1株式1議決権」です。しかし、合同会社では、会社の重要事項の意思決定は「役員全員の同意」が原則となります。つまり、全員が拒否権を持っていることになり、最終的にまとまらず、業務に支障をきたす場合があります。